Dari permulaannya yang sederhana di High Street pada 10 Mac 1919, Sekolah Rendah St Mary dibuka di bawah bimbingan Miss Anne Hanrahan dengan 75 pelajar. St Mary's telah berkembang kepada populasi pelajar semasa kira-kira 560 pelajar dan lebih lapan puluh kakitangan di tapak Murlong Street sekarang.
Mary MacKillop bersama-sama dengan Julian Tenison-Woods mengasaskan sekolah Josephite supaya kanak-kanak di kawasan terpencil dan luar bandar mempunyai akses kepada pendidikan Katolik. Pada bulan Julai 1923, ketibaan tiga Sisters of St. Joseph di Swan Hill, memulakan persatuan yang panjang dan rapat Josephites dengan Pendidikan Katolik di Swan Hill. Pada tahun 1923 Bishop Foley memberkati batu asas biara baru, yang kemudiannya dikenali sebagai MacKillop House, yang dibakar pada tahun 1989. Pengubahsuaian meluas berlaku antara tahun 1980 dan 1990 di tapak High Street, yang kini diduduki oleh Kolej St Mary MacKillop.
Tradisi panjang St Mary yang diketuai oleh saudari St. Joseph berakhir pada tahun 1996 apabila, selepas 73 tahun, seorang pengetua awam dilantik untuk permulaan tahun persekolahan 1997. Walau bagaimanapun, ciri-ciri Josephite kerja keras, dedikasi, komuniti dan perpaduan keluarga masih merupakan ciri kuat sekolah kami.
Sekolah baharu ini terletak di tapak Taman Shamrock lama, dengan sempadannya ialah Jalan Murlong dan Karinie. Peringkat satu dan dua program pembinaan telah disiapkan pada tahun 1996 yang membolehkan semua pelajar bersekolah di satu tapak, selepas hampir dua tahun menjadi sekolah dwi kampus sementara pembinaan berkembang. Hari ini St Mary's menikmati faedah persekitaran pembelajaran yang cerah, segar dan menarik yang terletak di persekitaran separa luar bandar yang damai.
